Poslovanje Atlantic Grupe organizirano je kroz šest strateških poslovnih područja i četiri strateška distribucijska područja:

 Strateško poslovno područje Pića
 Strateško poslovno područje Kava
 Strateško poslovno područje Slatko i slano
 Strateško poslovno područje Delikatesni namazi
 Strateško poslovno područje Zdravlje i njega
 Strateško poslovno područje Sportska i aktivna prehrana
 Strateško distribucijsko područje Hrvatska
 Strateško distribucijsko područje Slovenija, Srbija i Makedonija
 Strateško distribucijsko područje Međunarodna tržišta
 Strateško distribucijsko područje HoReCa
 Tržište Rusije

Osnovna karakteristika ovakve organizacije je povezivanje poslova u posebna poslovna područja vezana uz pojedinu vrstu proizvoda te posebna prodajna područja unutar kojih se pokrivaju sva važna tržišta, kao i strateški prodajni kanali. Svako poslovno područje ima internu organizacijsku strukturu, koja se ovisno o djelatnosti i opsegu poslovanja sastoji od organizacijskih cjelina: poslovne jedinice i/ili BU, organizacijskih jedinica i odjela.

U sklopu Operativnog poslovanja organizirane su funkcija Centralne nabave, funkcija Centralnog marketinga i funkcija korporativnog upravljanja kvalitetom s funkcionalnim odgovornostima na razini Grupe, kako bi se što sveobuhvatnije iskoristile sve sinergije unutar sustava i osigurala učinkovita koordinacija poslova u nabavi, marketingu i osiguranju kvalitete te uspostavili jedinstveni standardi na razini cijele Grupe.